朱由校是在孔闻謤等在京师天津一带被处决后不久就立即下旨让衍圣公孔贞宁对朝廷忠诚度进行表态的。
而衍圣公孔贞宁也在朱由校的圣旨到达山东后前一刻通过私人渠道得知了孔闻謤被东厂处决的事，然后就收到了朱由校的圣旨。
所以，孔贞宁现在即便按照圣旨立即写了奏本，也还得有段时间才能递送到京。
也因此，皇帝朱由校和方从哲这些皇帝的亲信大臣们，此时还不知道孔贞宁的傲慢态度。
朱由校现在不得不把心思放在军务上。
毕竟现在大明要同时面对两场兵事。
不仅仅是还未彻底解决的辽东战事，还有刚刚出现的西南战事。
为此，朱由校特地将他身边擅长军事谋划的文武官员都叫到政事堂，参与军机。
“奢崇明的叛乱，虽然让大明接下来不得不陷入两线作战的境地，但也不必太过焦虑，这只是说明旧的土司羁縻制度已经不合时宜而已，在将来有必要进行改土归流，不然，这些拥有地方实权的土司一有机会就依旧会挑动底层夷民造反。”
“而这些有实权的土司造反后也不会造成太大的势，因为首先他们的教化程度本就不及汉人，在战争上的表现就是纪律差，对底层的汉夷百姓都是以烧杀劫掠为主，其次没有强大的粮草保障能力，只要战事一受挫，就容易陷入困局，所以，朕相信袁可立完全能够平定这次叛乱，西南的这些土司成不了大气候。”
朱由校首先对这次的奢崇明叛乱提出了自己的看法。
然后，朱由校就继续说道：“不过，我们虽然在大势上清楚这些西南土司成不了大气候，但也不能不重视，因为这关系到朝廷需要花多少民力财力物力去平定这次叛乱，朝廷需要有个总的谋划，需要知道如何趁着这次西南平叛的机会让朝廷更有利，让西南在将来更太平。”
“陛下说的是，纵观历朝西南番乱，皆未有不平定者，然皆弊在于耗损钱粮无数，盖因西南用兵有三难：
一、民族成分复杂，西南地区，汉夷杂居，因为风俗不同，故而矛盾常有，甚至夷民中也有生番、熟番之别，熟番易受朝廷管束，然生番易受土官挑拨，彼此也有矛盾；
二、地势复杂，多易守难攻地，大军进攻难以速达，而小股兵马急进又易遭伏，且交通不便，所以，粮草运输困难，许多道路，连骡马都不能用，只能用人驮运；
三、气候不定，雨水频繁，多瘴气时疫，通常西南用兵，死于沙场拼杀者少，死于疫病者多；
以臣之见，朝廷要想在西南一劳永逸，得先安其民，对为恶之番官以狠，对底层百姓，不分汉夷，一律以招抚为主，分化其势，进而可孤立叛乱者；
其次，要想节省钱粮，一开始得花足钱粮，使将士用命，一鼓作气地剿灭叛军，从而避免叛军做大且四处流窜，最后不可催促带兵督抚，因为西南用兵需等天气适宜时果断出击，而若朝廷为求速达，不顾实际情况，一味催促带兵督抚进兵，容易适得其反。”
总督过四川、贵州、湖广军务，且参与过平定番乱的王象乾提出了自己的见解。
朱由校对此表示了肯定。
而接下来，朱由校又让参与过播州之乱的陈策等老将发表看法。
陈策本以为自己这些老将在京师只是教教后生辈带兵，但他没想到皇帝陛下还让他们这些老将参与军机，这让他心情很激动，毕竟作为打了一辈子仗的老将，谁不想在军务上说道说道。
所以，陈策等老将皆很积极地发表起了自己的看法。
陈策最先开口，且直接指明近年来西南土司作乱频繁的原因，说西南如今敢作乱，主要还是因为朝廷内弊丛生，首先是卫所军户大量逃走，最后成为西南各土司的农奴，从汉民变成夷民，而这些军户不乏善冶铁、制火器的，因此造成西南土司军事实力大增，野心也跟着膨胀，所以，陈策认为朝廷应该提醒官军不能轻视这些西南土司的战斗力，可能也有不少火器。
童仲揆则根据自己掌四川都司多年且参与过播州之乱全程的经验，指出了四川哪些土司忠诚度高、哪些土司忠诚度低，以及还拿出了一份提前研究出来的四川各城池的防御重要程度。
朱由校很庆幸自己没有像原有历史一样在辽东经略一职上换掉熊廷弼，而没有使得辽事败坏，也就使得陈策、童仲揆这些熟悉对西南作战有丰富经验的老将没有像原有历史一样战死沙场，而是成了自己在军事上的顾问，使得自己这个皇帝可以更全面的了解西南地区的情况。
不过，朱由校倒也没同意接下来陈策和童仲揆主动申请去西南带兵打仗的请求。
因为，朱由校还是更希望借着这次西南战事练出一批能带兵的年轻将领出来，而老将们还是适合留在京师，替自己参谋军机，同时替自己培养军事人才，毕竟人才是不能断层的，不能一遇到战事就只指望老将去解决，而不给年轻人表现的机会。
何况，大明将来还会有很多战事，需要很多指挥才能突出的战将。
然后，朱由校又让王象乾和陈策等人对其他地方的军事威胁，如东虏、蒙古等也进行了分析，以确定如何把控全局。
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